Τα μαθήματα που διδάσκονται οι σπουδαστές διαφέρουν ανάλογα με την ειδικότητα με την οποία έχουν εισαχθεί. Αξίζει να σημειωθεί πως δίνεται ιδιαίτερη έμφαση στην εκμάθηση των Αγγλικών, καθώς η γνώση τους κρίνεται απαραίτητη για μια αξιόλογη σταδιοδρομία στο χώρο της Εμπορικής Ναυτιλίας.
Οι απόφοιτοι των Α.Ε.Ν. αποκτούν τίτλο σπουδών Τριτοβάθμιας Εκπαίδευσης και, ταυτόχρονα, το δίπλωμα Αξιωματικού Γ΄ τάξης Πλοιάρχου ή Μηχανικού Ε.Ν. Έτσι, μπορούν να πραγματοποιήσουν μεταπτυχιακές σπουδές σε Σχολές του Εσωτερικού και Εξωτερικού, σε ειδικότητες που είναι αναγκαίες στο χώρο της Ναυτιλίας. Οι απόφοιτοι των ΑΕΝ μπορούν να εξελιχθούν σε Β’ Πλοιάρχους ή Μηχανικούς και στη συνέχεια σε Α’ Πλοιάρχους ή Μηχανικούς, αφού πραγματοποιήσουν θαλάσσια υπηρεσία. Η απαιτούμενη θαλάσσια υπηρεσία για τη βαθμολογική προαγωγή σε Πλοιάρχους ή Μηχανικούς Β΄ είναι 24 μήνες και για την προαγωγή σε Πλοιάρχους ή Μηχανικούς Α΄ είναι 36 μήνες.
Η επαγγελματική σταδιοδρομία των αποφοίτων δεν περιορίζεται μόνο στα πλοία αλλά επεκτείνεται και σε άλλους επαγγελματικούς κλάδους. Ανάλογα με τα ενδιαφέροντα και την εξειδίκευση του ο κάθε απόφοιτος μπορεί να εργαστεί σε ναυτιλιακές επιχειρήσεις, σε ναυπηγικά γραφεία, σε εφοδιαστικές αλυσίδες (Logistics), σε Νηογνώμονες, σε πρακτορεύσεις κ.λ.π.
